上帝說：“我要將所造的人和走獸並昆蟲以及空中的飛鳥都從地上消滅。”但是他又捨不得把他的造物全部毀掉，他希望新一代的人和動物能夠比較聽話，悔過自新，建立一個理想的世界。在罪孽深重的人群中，只有諾亞在上帝眼前蒙恩。上帝認為他是一個義人，很守本分；他的三個兒子在父親的嚴格教育下也沒有誤入歧途。諾亞也常告誡周圍的人們，應該趕快停止作惡，從充滿罪惡的生活中擺脫出來。但人們對他的話都不以為然，繼續我行我素，一味地作惡享樂。上帝選中了諾亞一家：諾亞夫婦、三個兒子及其媳婦，作為新一代人類的種子保存下來。上帝告訴他們七天之後就要實施大毀滅，要他們用歌斐木造一隻方舟，分一間一間的造，里外抹上松香。這隻方舟要將船體的尺寸定為長450腕尺(古時的一種量度，自肘至中指端，長約18到22英寸)（相當於137.16米）、寬75腕尺（22.86米）高約13.7米，船舷上還有一條約0.5米寬的透光的縫隙。方舟每層甲板的面積有3000多平方米，約為鐵達尼號的一半。它的總重量約為1.4萬噸，完全由木頭構成。如果泰坦尼克被稱做“永不沉沒的”巨輪只能是一種遺憾，那么諾亞方舟可謂是真正的不會沉沒了。據分析，方舟的長寬比為6:1，這是在海上航行抵禦各種風浪的最佳尺寸。經過模擬試驗表明，這樣的船即使在狂風巨浪中，也能藉助浮力和自身重力使各種外力相互抵消，保證船體的平衡，所以它幾乎不會傾覆。這樣精準而複雜的流體力學問題，在幾千年前是誰，又是如何設計出來的呢？難道答案真的是“神”？方舟上邊要留有透光的窗戶，旁邊要開一道門。方舟要分上中下三層。他們立即照辦。上帝看到方舟造好了，就說：看哪，我要使洪水在地上泛濫，毀滅天下，凡地上有血肉、有氣息的活物無一不死。我卻要與你立約，你同你的妻子、兒子、兒媳都要進入方舟。凡潔淨的畜類，你要帶七公七母；不潔淨的畜類，你要帶一公一母；空中的飛鳥也要帶七公七母。這些都可以留種，將來在地上生殖。2月17日，諾亞600歲生辰，海洋的泉源都裂開了，巨大的水柱從地下噴射而出；天上的窗戶都敞開了，大雨日夜不停，降了整整40天。水無處可流，迅速地上漲，比最高的山巔都要高出15寸。凡是在旱地上靠肺呼吸的動物都死了，只留下方舟里人和動物的種子安然無恙。方舟載著上帝的厚望漂泊在無邊無際的汪洋上。上帝要求諾亞用歌斐木建造方舟，並把舟的規格和造法傳授給諾亞。此後，諾亞一邊趕造方舟，一邊勸告世人悔改其行為。諾亞在獨立無援的情況下，花了整整120年時間終於造成了一隻龐大的方舟，並聽從上帝的話，把全家八口搬了進去，各種飛禽走獸也一對對趕來，有條不紊地進入方舟。7天后，洪水自天而降，一連下了40個晝夜，人群和動植物全部陷入沒頂之災。除諾亞一家人以外，亞當和夏娃的其他後代都被洪水吞沒了，連世界上最高的山峰都低於水面7米。上帝顧念諾亞和方舟中的飛禽走獸，便下令止雨興風，風吹著水，水勢漸漸消退。諾亞方舟停靠在亞拉臘山邊。又過了幾十天，諾亞打開方舟的窗戶，放出一隻烏鴉去探聽訊息，但烏鴉一去不回。諾亞又把一隻鴿子放出去，要它去看看地上的水退了沒有。由於遍地是水，鴿子找不到落腳之處，又飛回方舟。七天之後，諾亞又把鴿子放出去，黃昏時分，鴿子飛回來了，嘴裡銜著橄欖葉，很明顯是從樹上啄下來的。諾亞由此判斷，地上的水已經消退。後世的人們就用鴿子和橄欖枝來象徵和平。