《綠島小夜曲》的歌詞意思如下：
歌者唱出愛情受挫後的沮喪，徘徊在月光下，哀傷的歌聲，灑在寂靜的夜裡，也淋濕了往日的希望。 彷彿看到一個身影迷茫的男聲，獨自佇立在綠島的港口，小船隨著夜風，一起守候著寂寞的夜晚。
歌詞中描述了一幅淒美、空靈的景象，有弦外之音，言外之意，讓人思索品味。整體上表達了對愛情失去的憂傷與迷茫。