1988年畢業於華西醫科大學醫學院。1990－1991年在華西醫科大學附一院進修神經外科。曾任巴中市人民醫院副院長、曾副主任醫師，巴中市衛生局副局長（主持行政工作），巴中市衛生局局長，巴中市中心醫院院長等職務。
系地區級學術帶頭人，地區級科技帶頭人。在顱腦外科方面成績突出，開創了巴中地區顱腦外科的新局面。套用國內外新進展、新技術救治各類顱腦損傷2000餘例，其中主持開展剖顱手術600餘例，治癒率達92%以上；成功地救治了10例特重型、瀕死型顱腦損傷，療效達到ADL24例、ADL35例、AD41例。率先在本地區開展顱內腫瘤切除術，其中成功實施5例顱內巨大腫瘤摘除術，創新採用“大腿闊筋膜自體移植修補巨大硬腦膜缺損”，撰寫論文在首屆全國創傷修復與組織再生學術會議上作大會發言交流，並獲本地區科技進步三等獎。率先在本地區開展微創傷手術治療高血壓腦出血32例，好轉治癒率達90．6%，該成果榮獲97年度巴中地區科技進步二等獎。主研課題“基本顱骨大骨瓣漂浮減壓術在重型顱腦損傷治療中的套用”得到了國際醫學界的肯定，應邀去香港出席“第十屆國際外科學術研討會”。發表論文20餘篇，主要論文有：“大腿闊膜筋自體移植修補巨大硬腦膜缺損”、“基本顱骨大骨瓣漂浮減壓術在重型顱腦損傷治療中套用”、“微創傷手術協同內科治療高血壓腦出血”、“人字點區凹陷性顱骨骨折的手術治療”、“顱底骨折及併發症的診治體會”、“慢性硬腦膜下血腫持續沖洗引流”等。擔任《當代外科疾病診斷與治療》副主編，兼任《中華醫藥理論與臨床》編委，華西普外學術研究會會員。
2014年12月，巴中市中心醫院院長張映軍涉嫌嚴重違紀違法，目前正接受組織調查。2015年1月25日，四川省人民代表大會常務委員會發布公告第31號顯示，巴中市人大常委會接受了張映軍提出辭去四川省第十二屆人民代表大會代表職務的請求，依照代表法的有關規定，張映軍的代表資格終止。