林董的父親佐藤泰然是佐倉藩的西醫。林董少年時成為幕府御醫林洞海的養子。後來在一個美國傳教士家裡學習英文。1866年，林董畢業於明治學院高校，作為第一批留學生前往英國倫敦大學留學。回國後，參加箱館戰爭。1871年，進入仕途，進入外務省工作。1873年，調入工部省。1882年，任宮內省大書記官。1887年，任通信省內信局長。1888年，任香川縣知事。1890年，任兵庫縣知事。1891年，任外務省次官（政務），兼任總務局長。法德俄三國駐日公使1895年向日本提出退還遼東半島的要求時，他代表外務大臣陸奧宗光接受通牒。1895年6月22日，卸去外務次官職務，任駐清公使。同年10月31日，授予男爵。1896年11月2日，卸去駐清公使職務。1897年5月25日－1899年9月5日，任駐俄聖彼得堡公使。同年，授予旭日大勳章。
1900年7月6日－1906年3月19日，任駐英公使。1904年日本駐倫敦公使館升為大使，他成為第一任大使，其間，和英國外交大臣蘭斯多恩侯爵簽訂了1902和1904兩個英日同盟條約，保證了日俄戰爭日本在外交上的勝利。授予子爵。4月1日，授予旭日桐花勳章。1903年他用英文發表了一部小說《為了他的人民》，1906年在倫敦市長為他舉行的餞行會上，他向聽眾保證，對大英帝國寄予日本的同情將給與最充分的報導答。牛津和劍橋兩大學曾授予他名譽學位。1906年5月19日－1908年7月14日，任桂太郎內閣外務大臣，其間授予伯爵。1911年8月30日－1912年12月5日，任西園寺公望內閣通信大臣。1913年，病死。所著《外交回憶錄》1915年由普利用英文編輯出版，名為《林董伯爵秘密回憶錄》。