“團偵探學院（DDS）”是由傳說中的名偵探--團守彥 擔任校長的偵探學校。立志成為偵探的少年小Q參加了DDS的入學考試，經歷了重重考驗的他最終進入了特別班“Q班”，並遇到了4位性格各異的夥伴。小Q和夥伴們發揮各自特殊的能力，向一個個困難謎團發起挑戰！而就在大家忙碌於學習和案件之中時，一片可疑的黑雲正慢慢接近。
以下內容涉及劇透，請謹慎閱覽，以免降低欣賞作品時的興趣。Q班學生連城究：本作主角，14歲，暱稱“Q(キュウ)”以名偵探為目標的中學三年級男生。學習成績一般，語言能力並較差，而且又不懂游泳，但其推理能力十分出眾。Q之所以想成為偵探，是因為六歲時曾經被一位“偵探叔叔”從一個犯罪集團的綁架中救出，而那位“偵探叔叔”後來將自己的偵探心得的筆記本給了Q。殊不知，這個“偵探叔叔”就是其父親“連城曉”。個性較樂天，但當有案件發生時他就會認真起上來。為人有些好色，並經常因為看見了惠的“裙底風光”而被惠拳打腳踢；另外他並曾經與金太在溫泉旅館偷窺女性洗澡，但最後也是被惠發現兼被惠拳打腳踢。手上戴著的表經常無故停掉，而經常令Q誤導時間。他的名言是“不能堅持到底的偵探，將使真相永遠石沉大海！”(又譯“如果連偵探都放棄的話，那么案情將永遠陷入迷宮之中！”)、“提示有（數字）個！（說明提示）。而答案只有一個！”。不過這幾句話也時不時會被同伴借用，並成為本作的招牌台詞。最後在漫畫最終話成為惠的男友。天草流：14歲
DDS入學考試第一名，推理能力與Q不相上下。是凡事都很冷靜的天才。其實他是冥王星首領的孫子，同時也是未來的繼承人（後來揭曉並不是親生孫子）個性較冷漠，但有時並會有純真的一面。在第10卷（動畫版第40話）中，為了脫離冥王星的控制開始寄住在Q家。以前因為受過深度催眠而對年幼時沒有記憶，後來催眠被哈迪斯王解開。原本不願和Q班等人成為朋友，但逐漸對Q卸下心防。和Q交情很好，彼此信賴，因此在和冥王星首領對決時，最後選擇和偵探學園並肩作戰。美南惠：14歲
是擁有“瞬間記憶能力”的女孩，並是Q班唯一的女性。她的能力總是能幫助Q等人雖然她的“瞬間記憶能力”為她帶來不少的痛苦，但是她也仍然覺得有“瞬間記憶能力”是一件很偉大的事，希望可以幫助到別人對Q特別有好感，但整天都會跟他說：“你真的很天真！”與身為大學生的姐姐同住經常穿著短裙，但有時當裙底走光時會被Q和金太看見她的“裙底風光”，年幼時曾進入“國立能力開發研究所”，在那裡與流相識。但後來此段記憶被冥王星成員用催眠消去了。最後在漫畫最終話成為Q的女友。遠山金太郎：18歲，暱稱“金太”，空手道三段、柔道三段、劍道四段，也得過游泳和田徑的獎項。擁有奧特曼的直覺、視覺（視力4.0）、嗅覺和聽覺，也是遠山流隱術的繼承人，但推理能力在Q班等人之中最差。
個性較衝動，時常為Q班等人惹來一些麻煩，並不時對Q拳打腳踢。為人與Q一樣有些好色；另外他並曾經與Q在溫泉旅館偷窺女性洗澡，但最後也是被惠發現兼被惠拳打腳踢。父親遠山金三郎為警視廳的高級指揮官（警視正）。鳴澤數馬：11歲鳴澤財團的公子，家裡非常有錢。雖然只有國小5年級，但卻是個天才程式設計師，曾經創作一些很流行的遊戲軟體，並經常用電腦來進行推理。擅長解讀密碼，對密碼的知識非常豐富。A班學生雪平櫻子：年輕的推理小說家，17歲，團守彥的侄女。自尊心很強，十分爭強好勝，經常宣言要進入Q班。鄉田京助：數學天才，19歲，他曾經在17歲時參加世界級別的數學奧林匹克比賽，並曾經是全日本拼圖錦標賽的佼佼者，被稱為“拼圖王”。獅子戶猛：哈佛大學的畢業生，20歲，畢業後就擁有“犯罪心理博士”的頭銜，曾經解決過不少殺人事件。白峰隼人：天才魔術師，19歲，童年時因為受到自己世界一流的魔術師父親薰陶下，8歲的時候曾經在拉斯維加斯的電視台表演過，是魔術界的希望之星。遠矢邦子：原為澀澤學園的學生，個性文靜。其後為了改變自己文靜的個性而裝扮成辣妹，併入讀DDS，但都未能改變她的文靜的個性，合氣道高手，對小流抱有不加掩飾的強烈好感，但是並未得到任何回應。霧雨右近：金太的兒時玩伴，性格古怪，常常有驚人之舉，實則為繪畫技術高超的天才。並於特別篇中提到他已為A班頭名。B班學生三郎丸豊：擁有IQ 180的20歲東大生，與美南惠一樣其能力被國立能力開發研究所所認同，他經常認為自己推理能力非常卓越，但在漫畫中經常因為推理錯誤及自大的性格而被人無視。曾為A班的吊車尾，漫畫特別篇中有老師提到他有跌入C班的危險。曾於《金田一少年之事件簿》“鍊金術殺人事件”短暫登場。近松蓳：17歲，金太的兒時玩伴，喜歡金太。DDS重要人物団守彥：偵探學園創立者，現任校長，曾是唯一被警方允許配槍的偉大偵探，但因某案件而只能坐輪椅，名望很高。其原助手就是連城曉。片桐紫乃：団守彥的秘書，了解團先生的病情。七海光太郎：擅長易容術的偵探教師，曾多次暗中保護Q班成員。自稱團守彥的左右手。雖然看起來不可靠（比如喜歡偽裝成仙人掌），卻有著很高的推理能力。在團守彥去世後擔任DDS校長。本鄉巽：DDS老師，身經百戰的偵探，因案件受傷導致腿腳不太好。和片桐、七海同為DDS的第一批學生。連誠曉：Q的父親。並是團守彥親密夥伴，與團守彥一起創立了DDC（Dan Detective Company）他曾被認為會成為團守彥接班人的優秀偵探。但他最後在與冥王星決鬥時身亡。和妻子交換有福爾摩斯的對戒，並在小Q小時候曾將偵探手冊交小Q。真木慎太郎：DDS的法醫導師，從國外出差回來後被冥王星綁架，由冥王星成員化妝成他混入DDS，後被成功解救。冥王星主要成員Q 班哈迪斯王（黑王星彥）：冥王星首領，年輕時的他本是團守彥的朋友，但因為母親黑王由利香是天才殺人魔女，而受人排擠，又不被父親信任，從而變成冥王星首領。為了將小流培養成接班人而策劃了一系列事件。塞柏拉斯：冥王星高層成員，在中後期成為DDS的主要對手。是Q班成員的能力所不能及的對手。在冥王星覆滅後著手準備復活冥王星，是天生的犯罪者。卡龍：冥王星高層成員，半邊臉戴面具，後在中槍後於火場燒死。塔納斯特：化裝成真木慎太郎潛伏在DDS內，事情敗露後被塞柏拉斯催眠。是個不太守規矩又自大的冥王星成員。由利繪：小流的名義上的監護人，實為冥王星成員。在外人面前偽裝成小流的母親。阿香：冥王星成員，因做任務屢次失敗而被催眠，後被DDS秘密救下。其他人物九頭龍匠（非登場角色）:已故的神秘著名藝術家，對多個領域均有涉及，但每種作品最多都只做九個。Q班用作教室的建築便是他的作品之一，當中藏有秘密的地下室。傳說他的作品會帶來災難，事實上許多事件也的確與他生前的作品有所關聯。家族方面屬於多情的類型：流的祖母是他的女兒，而哈迪斯王是他兒子（兩人不同母）。連城瑞枝：Q的母親，她因為遵守丈夫的約定，而不讓Q和團守彥知道Q的身世。最初因為不希望Q步上他父親的後塵，不支持他做偵探。職業是自由的翻譯者。曾翻譯過九頭龍匠的日記，事後證實是冥王星的安排。她並將丈夫的結婚戒指裝進護身符給Q。美南茜：美南惠的姐姐，大學生。遠山金三郎：遠山金太郎的父親，是警視廳的高級指揮官。織田島平次：時常處理Q班等人所解決的事件的警官。
第一卷1~3話：偵探學園入學測驗⑴~⑶偵探學園Q漫畫封面(14張)4~5話：開膛島之悲劇⑴~⑵第二卷6~13話：開膛島之悲劇⑶~⑽第三卷14~16話：偵探學園首次入學⑴~⑶17~21話：神隱村殺人事件⑴~⑸第四卷22~29話：神隱村殺人事件⑹~⒀30話：教誨是如此的嚴厲第五卷31~32話：第一道習題⑴~⑵33話：危險的放學後34~37話：降靈術殺人事件⑴~⑷38~39話：Q對A⑴~⑵第六卷40~43話：Q對A延長賽⑴~⑷44話：【冥王星】的陰影45~46話：金太遭遇的事件⑴~⑵47~48話：舊校舍之謎⑴~⑵第七卷49~50話：舊校舍之謎⑶~⑷51~56話：殺人收集者⑴~⑹第八卷57~59話：殺人收集者⑺~⑼60~61話：家政教室之謎⑴~⑵62~63話：謎團火車⑴~⑵64話：三位女孩擊退色狼大戰第九卷65~72話：幻奏館殺人事件⑴~⑻第十卷73~76話：幻奏館殺人事件⑼~⑿77話：冥王星的黑色使者78話：第一次外宿79話：九頭龍匠之謎80話：紫雲龍的異象⑴第十一卷81話：紫雲龍的異象⑵82話：得以流傳下來的東西83話：【九頭龍日記】的秘密84~87話：魔矢姬傳說殺人事件⑴~⑷特別篇：戒指的秘密第十二卷88~89話：魔矢姬傳說殺人事件⑸~⑹90話：光與影的羈絆91~92話：這裡是DDS科學研究所⑴~⑵93~94話：用靈異照相機來拍照⑴~⑵95話：迷宮小巷的無頭女⑴第十三卷96話：迷宮小巷的無頭女⑵97~98話：從UFO傳來愛的訊息⑴~⑵99~100話：暗閣寺幽靈事件⑴~⑵101~103話：雪月花殺人事件⑴~⑶第十四卷104~105話：雪月花殺人事件⑷~⑸106話：為了我們特別班107~110話：被揭發的面貌⑴~⑷111話：雪月花的真相第十五卷112話：那個人名字是連城曉113話：繼承他的教誨114話：所託付的祝福115話：惡魔的真面目116話：危險的接觸117話：從監獄獲得的訊息118~119話：染血的花園⑴~⑵第十六卷120~121話：染血的花園⑶~⑷122~123話：ESCAPE IMPOSSIBLE⑴~⑵124話：新的旅程125~127話：吊橋村殺人事件⑴~⑶第十七卷128~133話：吊橋村殺人事件⑷~⑼134~135話：前往更深沉的黑暗⑴~⑵第十八卷136話：最壞的預感137話：危險的家教老師138話：來自過去的邀請函139~140話：間諜追蹤計畫⑴~⑵141話：重新再出發142話：夢見的超能力少女143話：超能力謀殺者⑴第十九卷144~149話：超能力謀殺者⑵~⑹150話：完美無缺的陷阱151話：被解放的記憶第二十卷152話：告白···之後···153話：交錯的道路特別篇；冥界偵探賽柏拉斯⑴~⑶154話：結束的開端⑴155話：結束的開端⑵156話：棲龍館殺人事件⑴第二十一卷157~164話：棲龍館殺人事件⑵~⑼第二十二卷165~169話：棲龍館殺人事件⑽~⒁170話：火焰的盡頭171話：最後的禮物最終話：永恆的偵探學園偵探學園Q PREMIUM1~3話：旋律的不在場證明⑴~⑶4~5話：挑戰時間限制⑴⑵6~8話：愛與悲傷的密室⑴~⑶
●功課表因為每次事件發生時間並不一定，因此沒有固定的課程。●制服沒有規定的制服。不過在入學後，會發給本學園象徵的『DDS徽章』與進行搜查活動所必須的『團偵探手冊』，有義務規定必須隨身攜帶。●招募班級本學園依據能力差異，分成A，B，C，D四個班級，不過這次招募在A班之上所設定的『特別班』的學生。●特別班選拔流程招募人員:若干名第一次測驗 請按照通知日期，地點集合。測驗方法於當天宣布。第二次測驗 筆試。只有通過第一次測驗的合格者才能參加測驗。合格與否的結果將郵寄到家中。最終測驗 只有收到合格通知的人能夠參加。※關於詢問測驗方法，將一概不予以回答。●報考資格年齡?性別不拘。期待充滿幹勁的人才。●學習內容學習引以自豪的講師陣容，將指導一切身為專業偵探活動所必要的技能。但是，特別班則由團守彥校長直接指導，決定以參與偵辦實際案件的形式來授課。有時候可能會伴隨著相當大的危險。無法保證人身安全。這一點請先做好準備。※關於學園的全部課程以及設施，完全對外保密，具體的內容在此將不公開。●整年計畫表雖然不像一般學校會舉辦定期的測驗，不過會隨時實施混班測驗。根據測驗結果再嚴格執行升級，降級，本身探究心嚴重缺乏的學生，有可能會請他退學。●校徽解釋天秤是公正的象徵。右邊放的是看破真相的直覺，分析力，洞察力，左邊放的是追查兇手的勇氣，決斷力，行動力。經常保持平衡感，正是身為偵探所必要的資質。在天秤上方展開的雙翼，是希望學生能夠盡情的表現而加上去的。●DDC全稱 Dan Detective Company，是團守彥創立的偵探社，成員大多是DDS的畢業生。●棲龍館九頭龍匠所設計的九座建築的統稱。每座建築均代表一個傳說中的龍之子。Q班所用的校舍建築便是其中之一，代表的是喜好殺戮的第七子“睚眥”。●冥王星首領為哈迪斯王的組織。許多成員的代號取自神話中的人物。活動是幫人制定殺人計畫，有不直接殺人的方針。所有成員身上都有冥王星組織的刺青標記。