《清明雨上》的歌詞含義是：第一段歌詞“窗透初曉，日照西橋 ，雲自搖 ，想你當年荷風微擺的衣角”表達的是一種思念之情，字面意思是透過窗子，初升的太陽照在杭州西湖的西橋上，雲朵在輕輕地搖動，讓人聯想到你當年身著白衣，微風輕輕吹著你的衣角，表達了作者對某個人或事的思念。
第二段歌詞“又是一年芳草綠，嘆光陰飛逝，還來不及把故事說完”表達了時光匆匆，很多故事還沒來得及說就過去了三年的遺憾和無奈。
整首歌的歌詞含義是：表達了作者對某個人或事的深深思念，以及時光飛逝，很多事情還沒完成便已過去，表達了無奈和遺憾。