《暗涌》的歌詞含義是表達了一個女人面對愛情離去的一種無奈和心碎，她感到很氣憤，很氣憤為什麼深愛的人最後沒有選擇自己，她覺得那份愛已經深入骨髓，但是最後還是黯然隱退。
《暗涌》既是一道序幕，也是終結。歌詞里充斥著掙扎和無能為力的情緒，歌曲的意境裡還有一層無法述說愛而不得的哀怨。這首歌里王菲唱的有很多曖昧的成分在裡面，給人一種撲朔迷離的感覺，愛情里的遺憾和失去，愛情里的失落和蒼老，而當陳奕迅最後離開的時候，王菲的聲音卻飄蕩在空蕩蕩的房間裡，顯得有點冷清，有點心酸，也有點無能為力。
因此，《暗涌》這首歌是表達了女性在感情中想要留下卻無法留下，想要挽留卻只能放任他離開的無力和絕望。