慈濟藥師佛十二大願歌詞如下：
願我願，願人皆得日光顯，疾病苦厄無尋邊。願眾生，壽長圓滿增健康，萬病頓除身輕安。
願我願，眼能見，色身無礙見分明。耳能聞，聲性圓明聞普應。鼻能嗅，香界圓通入佛境。舌能嘗，味界清涼無罣礙。
願我願，身無病，心無痛，得如來藏妙圓通。一切苦，一切痛，皆從身生。若能反照身性空，病患頓除無蹤影。
願我願，心開悟，見真如性離諸縛。依正一體證圓融，壽終定入涅槃城。
願我願，願人常得利安樂，不墮三途受苦厄。願眾生，得無畏，無有眾苦及眾苦因。一切怖畏憂悲等，永離三途八難境。
願我願，願我身能隨念行，隨力所及作佛事。願眾生，心如法界無分別，一切佛事皆成就。
願我願，悲心化作智慧流，塵塵剎剎滿眾生。三界無邊剎海中，歷劫常轉不疲倦。
願我願，見世疾苦及眾生病，命終舍壽往生天上。回入凡間演妙法，生死常依卍緣轉。
願我願，五濁世間修菩提，作茲行者證圓滿。四恩總報三有分，同生華藏毗盧家。
以上為慈濟藥師佛十二大願的簡要歌詞，更多內容請參考慈濟大眾部《藥師琉璃光如來本願經》等佛教經典。