對戰開拓區篇結束後,小遙為了獨自挑戰城都地區的華麗大賽和小智告別,小勝回到了橙華道館。小智則受到了小茂 對戰開拓區篇結束後,小遙為了獨自挑戰城都地區的華麗大賽和小智告別,小勝回到了橙華道館。小智則受到了小茂的鼓勵,獨自帶著皮卡丘和偷渡的長尾怪手前往神奧地區開始新的挑戰。 小智、小光和小剛3人的旅程並非一帆風順,他們在路途上遇上很多人和事,小智曾慘敗給真司,小光也曾在2次華麗大賽的第一次審查慘遭淘 汰出局。幾經辛苦,小光終於集齊5枚緞帶徽章,她在神奧華麗大型慶典表示出色,首次參加便晉級至決賽,但在決賽以稍微差距敗於好友小望;小智亦集齊8枚徽章,他在神奧聯盟有好開始,在第1回戰打敗尚志,第2回戰打敗某女路人,第3回戰(16強)打敗考平,8強更打敗真司,可是他無法勢如破竹而在準決賽慘敗於達克多,4強出局。 神奧之旅隨著神奧聯盟結束而來到尾聲,小智及小剛曾邀請小光一同前往關都地方,但小光因卷卷耳被邀請而不能前來,當天日落,小智在碼頭上和小光以最後一次擊掌道別,與皮卡丘及小剛乘船返回關都地方。翌日日出後,小智和小剛回到關都地方,在往真新鎮及尼比市的分叉路口,小智和小剛握手及互相祝福對方後正式告別。小智和皮卡丘終於看見真新鎮,他們跑進返回真新鎮前的最後一段路,神奧之旅正式劃上句號。展開全部↓收起全部↑