《夜行巴士》的詞曲都是由陳奕迅本人創作的，其完整歌詞如下：
月台沙數數數數到尾
夜行巴士我未學起
就快要到了 再一秒再下一秒
時代與燈光如 照影不見形
半山再上去 去過邊
太眷戀昨日與她坐的位置
沒錯是我太固執
總有些失散在人海裏
回望她已不在 遠遠消失在這巴士站
我還是上這巴士過去
我未忘 我未忘這路途上一起過的過往
沿途跟她碰過幾多面孔總也擦身過
沿途跟她遇過多少風霜總也再經過
夜行巴士我又再度 重溫昨日那份過錯
昨日與她今天仍在腦海里
只怕下次不再遇上我於她一生裏出現下途遇著我
多少也是幸運 她走了 但是與他話別不再找找我
夜行巴士我未學起
我未忘 我未忘這路途上一起過的過往
沿途跟她碰過幾多面孔總也擦身過
沿途跟她遇過多少風霜總也再經過
夜行巴士我又再度 重溫昨日那份過錯
沿途跟她碰過幾多面孔總也擦身過
沿途跟她遇過多少風霜總也再經過 那有數唔唔唔唔唔唔唔唔 究竟在幾班夜行巴士才能遇見你?
這首歌詞主要描繪了在夜行巴士上回憶過往的情感，表達了對過去的留戀和對未來的期待。其中歌詞“夜行巴士我又再度重溫昨日那份過錯”表達了對過去的後悔和遺憾，讓人感受到陳奕迅對情感的深刻理解和細膩表達。