台南二中校歌的歌詞是：
海疆萬里長，菁菁二中旁，
東海水朝宗，母校同久長。
為國育英才，筆耕硯香，
科學和人文，引領航方向。
二中啊二中，壯志如磐共奮起，
學術之道傳，精勤同自強。
鑄就民族魂，鑄就新希望，
吾輩自強不息，國運永向前。
這首校歌歌詞展現了台南二中的教育理念和精神風貌，激勵著師生們不斷追求卓越，為國家培養優秀人才。